W latach 2014–2016 Moukoko grał w młodzieżowym zespole FC St. Pauli, strzelił wówczas 23 gole w 13 meczach[1]. W lipcu 2016 roku dołączył do akademii Borussii Dortmund[2]. W drużynie „BVB” do lat 17 zagrał w 56 meczach, w których strzelił 90 goli[3]. W 2019 roku dołączył do zespołu Borussii do lat 19[4]. 8 listopada 2019 zadebiutował w klasie wiekowej U-19 i zdobył 6 goli w wygranym 9:2 meczu przeciwko Wuppertaler SV U-19[5][6]. Łącznie w Borussii U-19 zagrał w 25 meczach, w których strzelił 47 goli[7]. 17 września 2019 zadebiutował w Lidze Młodzieżowej UEFA w meczu przeciwko FC Barcelonie[8], zostając najmłodszym piłkarzem w historii, który wystąpił w tych rozgrywkach[9]. 23 października 2019 strzelił swojego pierwszego gola w UEFA Youth League. UEFA , stając się najmłodszym strzelcem gola w historii tych rozgrywek[9].